Description

FreeSurfer est un logiciel d’analyse neuroanatomique pour l’IRM structurelle, la segmentation cérébrale et la reconstruction de la surface corticale. Il extrait automatiquement l’épaisseur corticale, le volume des structures sous‑corticales et la morphologie du cortex. Il fournit un cadre complet pour la parcellisation anatomique, la modélisation de la surface, l’analyse longitudinale et la mise en correspondance inter‑sujets. Il constitue une implémentation intégrée de nombreuses méthodes d’IRM anatomique (sMRI), notamment la segmentation volumique automatisée, la reconstruction de la surface piale et blanche, la normalisation spatiale, la mesure de l’épaisseur corticale et l’analyse statistique de groupe.

Mise en place de l’environnement

• via module

ml bio/freesurfer

Version(s) disponible(s) : 8.2.0-1 (par défaut)

• via apptainer

ml utils/apptainer
apptainer shell --bind /usr/lib64:/usr/lib64 /softs/bio/freesurfer/freesurfer-8.0.0.sif 

Tutoriel

• Afficher la version de freesurfer

ml bio/freesurfer
freesurfer

• Pour lancer l’interface graphique de freesurfer,
  • Lancer une session OpenOnDemand puis lancer une session interactive.
  • Une fois que vous êtes connecté(e) au serveur de visualisation

ml utils/apptainer
apptainer exec --bind /usr/lib64:/usr/lib64 /softs/bio/freesurfer-8.0.0.sif freeview
# freeview ne fonctionne pas avec le module bio/freesurfer

Documentation

• Site officiel
• wikipedia
• Tutoriels